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技術(shù)文章
更新時(shí)間：2019-02-20
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探針捕獲測序是常用的目標(biāo)區(qū)域基因檢測方案，該方案基于多因素算法對目標(biāo)區(qū)域基因組進(jìn)行設(shè)計(jì)，然后合成出有效的特異性探針， 進(jìn)而與基因組DNA進(jìn)行雜交，將目標(biāo)區(qū)域序列進(jìn)行捕獲并富集后，使用主流的illumina測序平臺(tái)進(jìn)行高通量測序。 通過對大量樣本的目標(biāo)區(qū)域研究，有助于發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證疾病相關(guān)的目標(biāo)基因和關(guān)鍵位點(diǎn)，在臨床診斷和藥物開發(fā)方面有著巨大的應(yīng)用空間， 同時(shí)在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域相關(guān)研究中也有巨大的應(yīng)用潛力。
液相捕獲
操作簡單，對儀器設(shè)備要求低，可在幾個(gè)小時(shí)內(nèi)完成目標(biāo)序列富集和測序文庫構(gòu)建，特別適用于臨床檢測。
固相捕獲
捕獲探針定制化流程
捕獲探針性能指標(biāo)
Sample | Aligned(%) | Initial bases on target | Coverage of target region | Fraction of effective bases on target | Average sequencing depth on target | Fraction of target covered with at least 10X | Fraction of target covered with at least 20X |
1 | 98.8 | 483292 | 100.00% | 40.10% | 237.32 | 100.00% | 99.80% |
2 | 99.4 | 483292 | 100.00% | 40.10% | 219.48 | 100.00% | 99.70% |
3 | 98.81 | 483292 | 100.00% | 40.10% | 202.02 | 99.99% | 99.70% |
4 | 98.85 | 483292 | 100.00% | 40.10% | 237.56 | 99.99% | 99.70% |
5 | 98.4 | 483292 | 100.00% | 40.10% | 230.67 | 99.99% | 99.70% |
送檢樣本要求
樣品類型 | 樣品規(guī)格 | 樣品采集/運(yùn)輸 |
DNA（新鮮/冰凍樣品） | >1.0μg，濃度>20ng/μl | 干冰運(yùn)輸 |
血液（全血） | >1ml | EDTA抗凝，2-8 °C冷藏運(yùn)輸 |
新鮮組織 | >500mg | 低于-20 °C（干冰）冷凍運(yùn)輸 |
唾液 | >1ml | 唾液保存液混合可室溫運(yùn)輸，直接收集唾液需冷凍運(yùn)輸 |
ctDNA | >1ml | 要求血漿，干冰運(yùn)輸 |
FFPE | >1.5μ，濃度>20ng/μl | 干冰運(yùn)輸 |
細(xì)胞 | >8×106 | 去除培養(yǎng)液，PBS清洗1次后液氮速凍，干冰運(yùn)輸 |
石蠟切片 | >5片 | 10×10mm面積，常溫運(yùn)輸，穿刺組織>10片 |
石蠟包埋塊 | >1塊 | 不小于1×1×1mm常溫運(yùn)輸 |
單細(xì)胞 | >8×106 | 液氮速凍，干冰運(yùn)輸 |
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